1、成分不同。碘酊又叫做碘酒，它主要是碘和碘化鉀的酒精溶液，它能夠殺滅多種細菌和真菌，有非常強的消毒效果。而碘伏又叫做聚維酮碘溶液，它主要是以水為溶劑而制成的，也有很好的消毒作用，應用非常的廣泛。
2、對皮膚的刺激性不同。碘酊因為含有大量的酒精，所以對皮膚的刺激性非常的強，如果患者的皮膚粘膜有損壞，很容易給患者造成非常大的痛苦。而碘伏的刺激性非常的小，可以直接使用在破損的傷口處，它可以廣泛的應用於肌肉註射，靜脈註射，手術皮膚消毒。
3、用法不同：碘酒隻能用於小面積的皮膚消毒，不能用於黏膜的消毒，而且不能用於大面積的消毒，容易對皮膚引起腐蝕，而碘伏屬於中效的殺毒劑，可以用於皮膚及黏膜的消毒。
