1、從屬不同：牡蠣的種類有很多，生蠔是其中的一種，可以說生蠔是牡蠣，卻不能說牡蠣是生蠔，兩者是從屬關系，是生蠔從屬於牡蠣。
2、個頭不同：生蠔的個頭較大，大生蠔加上可重量可以達到一斤多；而其他品種的牡蠣的個頭很小，有成人的一小節拇指那麼大。
3、生長環境不同：生蠔一般生活在比較少見的江河和大海的交匯處，在半咸半淡的內灣淺海上，由於生長環境有所限制，所以產量很少；而牡蠣在我國自渤海、黃海至南沙群島均產，約有20種。
4、肉質顏色不同：生蠔的肉質是乳白色的；而有些品種的牡蠣肉質是淡青色的。
5、含鋅量不同：生蠔的含鋅量很高，每一百克的含鋅量為71.2毫克，比牡蠣高出瞭七八倍，被稱為“海裡的牛奶”。
由於生蠔是牡蠣種類中的一種，因此，牡蠣哪些部位不能吃，生蠔是一樣的，牡蠣的食用禁忌和生蠔也是一樣的。
