1、選擇處暑前後的晴天采收。
2、用來貯藏留種的百合一定要充分成熟，含水量低，無病，無蟲傷。撿球裝筐時要去掉莖稈，除去泥土，剪去須根，輕拿輕放，分級裝筐，並及時遮光運回室內。
3、選擇母鱗莖肥大、整齊度一致、色澤潔白、根系健壯、頂平而圓、苞口完好、無病、無蟲傷、無異味、無爛片、下根多且粗壯、分囊清楚(每個種球具有3～4個子鱗莖)的種球做種，無根種球不宜留做種用。
4、對種球進行藥劑處理。用500倍液的百菌清和1500倍液的三氯殺蟎醇乳油浸種20～30分鐘，晾幹後即可貯藏。貯藏地點應幹燥、通氣、遮光。貯藏室應用0.3%的甲醛和高錳酸鉀熏蒸1次，切勿將種球放在水泥地面上。
5、在地上鋪一層7厘米厚的清潔壤土(手捏成團、手松落地即散)或幹細河沙，然後放一層百合，根朝下，排列整齊，再蓋一層厚約4厘米的土或沙，上面再放一層百合，根系朝上，再蓋一層土或沙，再放一層百合(一般可放3～4層)，最上面用土或沙完全蓋住百合。四周用土或沙封嚴，可貯藏到第二年的春天。在百合貯藏過程中，可在貯藏室內掛置一個幹濕溫度計，控溫控濕，改善通風條件。每隔20～30天檢查1次，不宜過多翻動，如發現壞死腐爛的百合種球，應及時清除。
6、百合入藥始載於漢朝《神農本草經》，中醫認為其性平味甘微苦，無毒，入心、肺二經。能養陰清熱，潤肺止渴，寧心安神，治肺結核久咳、陰虛咳血、潮熱肺癰、熱病後餘熱未清、虛煩驚悸、神志恍惚、失眠多夢、腳氣浮腫等癥。
