1、《仙劍奇俠傳三》故事的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌,封印被解除開始的。但是,更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的沖突而屢屢交手,一直難分勝負,兩人逐漸有惺惺相惜之意。重樓提出要和飛蓬在自己發現的一處新仙界中決鬥,一較高下。兩人勢均力敵,比試曠日持久,最終驚動瞭天庭,天帝派兵捉拿飛蓬問罪,飛蓬因感知到追兵將至而分心,佩劍被重樓打落人間而落敗。
2、光陰荏苒,飛蓬被神界問罪貶為人,經過多次轉世成為渝州唐門新安當鋪夥計景天。同時,重樓自魔界窺探人間,偶然發現飛蓬的轉世如此卑微平凡,心中動念想要幫助景天,於是來到人間,滋擾蜀山,想要幫飛蓬找回佩劍,無意中毀壞瞭鎖妖塔,偶然得到瞭飛蓬在人間第一世——薑國太子龍陽鑄煉的魔劍。景天得到魔劍的同時,結識瞭唐門小姐雪見,從此改變瞭自己的生活。
3、一開始被卷入雪見傢族的內部鬥爭以及唐門和霹靂堂的爭鬥之中,而後遇到蜀山棄徒徐長卿及其未婚妻紫萱,走上瞭協助蜀山尋找五靈珠,封印鎖妖塔的漫漫征途。幾個人的情愛糾葛,生離死別反復交織糾纏,雪見的離奇身世,紫萱不為人知的秘密,龍葵長久以來的心中願望。伴隨著人類與妖界死生存亡的爭鬥,而其實人的欲望,才是所有紛爭的本源。