1、化學消毒法。在鵪鶉養殖場使用化學藥劑進行消毒時，要遵循三先三後的原則，先消毒運送飼料道路，後消毒清糞車行使道路；先消毒青年鵪鶉舍，後消毒產蛋鵪鶉舍；先消毒種舍，後消毒商品舍。另外在考慮消毒藥劑成本的同時，也要使用適合養殖場的消毒藥物，要交替使用，這樣既起到瞭消毒效果，也降低瞭消毒成本，而能避免產生抗藥性，延長一種消毒藥的使用時間。在消毒前先要清掃沖洗，以防有機物存在，然後再進行藥液消毒。
2、物理消毒。物理消毒主要通過紫外線和通風兩種，這樣殺死和減少空氣中的病原微生物數量，以達到消毒的目的，降低發病率。
3、生物消毒法。這是利用嗜熱微生物生長繁殖過程中產生的高熱來殺滅或清除病原微生物的消毒方法，將鵪鶉的糞便進行堆積，使得其中的溫度高達70度註意，這樣殺死糞便中病毒、細菌和寄生蟲卵等。
在消毒時，操作人員要戴好口罩，護目鏡，穿好防護服，防止藥液損傷皮膚和粘膜；註意消毒液的濃度，一般濃度和消毒效果呈正比，濃度越大消毒效果越強，但是濃度越大，對於鵪鶉本身損傷也比較大，所以應該根據消毒目的、對象選擇安全有效的濃度，不得隨意極大藥劑濃度。
