劇情簡介：故事講述的是從東京都西部被分割出來的這座都市中，“超能力開發”被列為學校課程的一部分（學生作為人體科學實驗對象）。在二百三十萬人口中，有八成都是學生，所以被稱為學園都市。他們每天都在超能力開發上進行相互競爭。根據能力高低不同，可以分為7級，從無能力（level0）到超能力（level5）（level6為絕對能力者）。
故事的主角上條當麻是學園裡的一個無能力者，但並非完全沒有能力，他的能力是能夠將一切異能之力無效化。他隻有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇跡都能抹殺的能力取名為幻想殺手（Imagine-breaker）。而正因為他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故，導致自己一直過著不幸的生活。
某一個暑假的日子，在傢裡的陽臺上，他遇見瞭一位修女；這位少女自稱自己的名字叫“茵蒂克絲”（Index），並是從魔法的世界逃瞭出來，現在正在被魔法師追趕中。就這樣，上條當麻一腳踏進瞭奇妙而美麗又黑暗的世界，開始瞭上條當麻與禦坂美琴的戰鬥……掌握瞭十萬三千本究極魔法書（魔導書）的少女與擁有抹殺一切奇跡的神上之手的少年，將面臨一系列故事。
