1、種蛋收集後，立即裝盤上架，在專用的熏蒸室內，按每立方米容積加福爾馬林42毫升、高錳酸鉀21克的比例，將福爾馬林倒入盛有高錳酸鉀幹粉的容器中，熏蒸30分鐘。熏蒸時關嚴門窗，保持溫度24℃以上，濕度75%以上，熏後排出氣體。為瞭防止種蛋在保存期間又被污染，在入孵升溫前可用同樣的方法再消毒一次，用藥量減少1/3。
2、種蛋消毒除用熏蒸法外，完全可以采用噴霧法進行。方法是將5%的專用消毒液配制成0.1%的溶液（水與5%消毒液之比為50∶1），均勻噴灑在種蛋表面。采用過氧乙酸消毒時，將20%的過氧乙酸配制成0.1%的溶液，均勻噴灑在種蛋表面。上述兩種消毒液的使用效果良好，能有效殺滅細菌、真菌和病毒。
