1、將種瓜於11月下旬采收後放在5℃～7℃的地方。可以把整個瓜保存在缸內或沙藏於溫暖之處，四周覆蓋煤灰，上再覆稻草等，保暖防凍過冬。
2、催芽時間於第二年1月下旬將種瓜取出，用塑料袋逐個包好，移到暖室或熱炕上催芽，溫度15～20℃。催芽溫度不宜太高.溫度過高出芽快，但芽細不健壯。
3、隔離留種佛手瓜為雌雄同株異花授粉植物，留種栽培時應註意將品種（品系）進行隔離。常采用的方法有地區隔離法和人工套袋隔離法。
4、地區隔離法大規模留種時，品種間種植距離至少相隔1000米，如有高山等天然隔離屏障，則可縮短至500米左右。
5、人工隔離法少量留種時，可在雌雄花開放前1～2天，分別套上紙袋，或用保險絲、小塑料夾夾住花瓣，授粉時將剛開放的雄花花粉塗在雌花的柱頭上。
6、隨即套回紙袋或夾住花瓣，不讓昆蟲傳粉。人工輔助授粉宜在上午6：00～8：00進行。
7、種瓜采收種瓜必須達到生理成熟期才可采收，即果皮由綠色變淡黃色，或由白色變淡黃白色，皮面光滑、變硬，有刺種刺瘤剛硬，手摸有刺感。
