1、產權有所不同：安居房相對於商品房而言，產權上有明顯的區別，大部分的安居房其實並不是完全產權，可以理解為具有完全的房屋權，卻不一定具有完全的土地使用權。很多安居房的土地性質是劃撥土地，也就是沒有繳納出讓金。而商品房是有完全產權的，也就是具有完全的房屋權和完全的土地使用權，土地性質是出讓土地，也就是繳納瞭土地出讓金。所以，安居房在以後再次交易時，可能需要補繳土地出讓金。
2、房屋質量不同：商品房的質量一般都不會存在什麼大的問題，但是由於安居房的建築利潤受到限制，所以建築商人通常偷工減料，通過這些操作來增加自身的利潤。因此，安居房的房屋質量一般相對較差一些。
3、價格不同：安居房是黨和國傢安排貸款和地方自知自籌資金建設的面向廣大中低收傢庭，特別是對4平方米以下特困戶提供的銷售價格低於成本、由政府補貼的非盈利性住房，所以安居房的價格會比商品房的價格低很多。
4、交易受時間的限制：安居房的交易受到的限制比較多，很多安居房在交易年限上都有很大的限制，安安居房一般規定在5年或者10年內不得進行上市轉售。商品房則沒有這方面的規定，隻要是買到的是已經辦理過登記的現房，那麼就可以上市交易，轉手買賣瞭。但是商品房是期房的話，法律上是不允許轉售的。
此外，由於安居房存在的很多的交易限制，購買安居房的風險相對於購買商品房而言就會大一些。
