1、《哈利·波特與混血王子》主要講述的是哈利·波特在霍格沃茨魔法學校第六年學習時（1996年—1997年）發生的故事。
2、魯弗斯·斯克林傑接替康奈利·福吉成為瞭魔法部的部長。原因是魔法世界中的人們認為康奈利·福吉對於早些時候伏地魔對魔法世界發動的襲擊處理不當。
3、西弗勒斯·斯內普施放瞭牢不可破的誓言，他向德拉科·馬爾福的媽媽保證，他會在德拉科·馬爾福的第一個食死徒任務中進行保護和幫助。
4、哈利·波特和阿不思·鄧佈利多成功說服瞭霍拉斯·斯拉格霍恩重返學校，擔任魔藥課教師，而西弗勒斯·斯內普教授則如願以償，成為瞭黑魔法防禦課老師。在第一節哈利·波特還沒發到書的魔藥課上，霍拉斯·斯拉格霍恩借給瞭哈利一本舊的魔藥課課本。哈利發現，這本舊課本上面簽著“混血王子”這個名字，此外這本書上還有很多筆記。而哈利靠著這些筆記取得瞭甚至比赫敏·格蘭傑還要優秀的魔藥課成績。
5、而另一方面，哈利的情感也日漸成熟，在心底對金妮的迷戀越發強烈；赫敏和羅恩的感情也出現瞭摩擦：羅恩挽著拉文德的手走來走去，赫敏獨自吃醋……
6、鄧佈利多用他的冥想盆向哈利展示瞭一些伏地魔過去的情況，並且認定伏地魔在過去曾經把自己的靈魂分成七份，並且將其中的六份藏入瞭魂器（一些可以永世長存的魔法物品）中。其實，伏地魔的兩個魂器已經被摧毀瞭，其中一個是被哈利·波特毀掉的湯姆·裡德爾的日記（在《哈利波特與密室》中有提到），另一個是由鄧佈利多毀掉的馬沃羅·岡特的戒指。鄧佈利多相信想要殺死伏地魔，另外四個魂器也需要毀掉。所以，他和哈利前去取回薩拉查·斯萊特林的掛墜盒。鄧佈利多因為喝掉瞭保護掛墜盒的藥劑而變得非常虛弱（鄧佈利多喝下藥水後非常痛苦，根據第七部來看，此時鄧佈利多想到瞭當年其妹妹的死亡，因為他懷疑極有可能是自己在混戰中誤殺瞭她）。
7、他們兩個返回後發現黑魔標記出現在霍格沃茨魔法學校，這表示食死徒來到瞭霍格沃茨魔法學校並與教職員和學生發生瞭戰鬥。鄧佈利多用石化咒將哈利定在墻邊，披著隱形衣動彈不得，而由於該咒語消耗瞭時間，使鄧佈利多失去瞭保護自己的機會，被德拉科·馬爾福解除瞭武器（老魔杖）。德拉科·馬爾福表示是他用瞭一整年修好瞭消失櫃並把食死徒帶進瞭學校。後來更多的食死徒趕到現場，催促德拉科·馬爾福完成任務。但是，德拉科·馬爾福面對鄧佈利多顯得十分猶豫。此時，西弗勒斯·斯內普來瞭。看到斯內普的到來，鄧佈利多發出瞭請求：“西弗勒斯......請求你......隨即，西弗勒斯斯內普用“阿瓦達索命”這句咒語殺瞭鄧佈利多，履行瞭他和德拉科·馬爾福的媽媽的誓言。後來，哈利一路追擊西弗勒斯·斯內普（同時斯內普稱自己就是“混血王子”，並早已發現哈利得到瞭自己以前的這本魔藥書）和德拉科·馬爾福，但是他們仍然逃出瞭霍格沃茨魔法學校。
8、麥格教授成為瞭霍格沃茨魔法學校的臨時校長，但是學校很可能將會因為不安全而被關閉。哈利發現他和鄧佈利多辛苦得到的斯萊特林小金匣是假的，真的掛墜盒被一個署名為R.A.B.的神秘人物取走。在鄧佈利多的葬禮結束之後，哈利決定無論怎樣他都不回學校繼續學習，而是去投身於毀掉伏地魔的所有魂器，並且立志最終戰勝他，而羅恩和赫敏也表示他們會跟哈利一起執行這使命。
