1、產地存在差異性
肉蓯蓉：肉蓯蓉是需要在梭梭樹上面寄生的一種植物，也隻有沙漠中的環境才有利於肉蓯蓉的生長，也正因為緩解的惡劣，讓肉蓯蓉的價值非凡。目前在我國的新疆、內蒙阿拉善盟、甘肅、寧夏等地都有生產，一般野生的肉蓯蓉比人工培育的肉蓯蓉品質更高。
草蓯蓉：草蓯蓉的生長環境沒有肉蓯蓉要求的高，也沒有那麼惡劣，但是也需要滿足其特殊需求才可以生長。海拔一千兩百米至海拔一千三百米的懸崖陡壁是草蓯蓉偏愛的生長環境，同樣具備瞭頑強的生命力，在我國的黑龍江、吉林、蒙古有生產，可以作為肉蓯蓉的一個替代品。
2、價格差異性較大
肉蓯蓉：由於肉蓯蓉生長在環境比較惡劣的沙漠，在其他地方很難生長，所肉蓯蓉的產量相對比較少，采摘的難度比較大，且因為肉蓯蓉裡面的營養物質非常豐富，所以肉蓯蓉在市面上的價格是相對比較貴的，便宜的需要兩三百一斤，品質更好的肉蓯蓉可能需要上千元一斤。
草蓯蓉：草蓯蓉的生長地域比較多，也相對比較常見，所以草蓯蓉的價格相對肉蓯蓉而言要便宜很多，大致的價格是幾十元到幾百元的樣子，具體的草蓯蓉銷售價格與草蓯蓉的品質有關系。
3、成分具有明顯差異
肉蓯蓉：肉蓯蓉之所以顯得珍貴，主要是在於含有的成分對於人體比較在重要。其中含有生物堿、氨基酸、木脂素類等分，其中苯乙醇總苷是肉蓯蓉裡面很重要的一個活性成分，對於男性性能力的改善有明顯的效果，對於女性的衰老和宮寒亦有幫助。
草蓯蓉：草蓯蓉與肉蓯蓉的成分有相似也有陳耀興，其中草蓯蓉中含有草蓯蓉醛、草蓯蓉內酯、甘露醇和生物堿等成分，其中CR超級激酶是一個很重的物質，可以修復基因和細胞。
