1、品種不同。
青花椒為蕓香科植物青椒的幹燥果皮。主產遼寧、吉林、黑龍江、河北、江蘇等地。紅花椒為蕓香科植物花椒的幹燥果皮。主產河北、山西、陜西、甘肅等地。在青海、山東、四川、湖北等省亦有分佈。
2、外觀不同。
青花椒多為2～3個上部離生的蓇莢果，直徑3～4mm，頂端具短小喙尖。外果皮表面呈灰綠色、黃綠色至棕綠色，有網紋及多數凹下的小點狀油腺;內果皮光滑，灰白色或淡黃色，與外果皮分離或卷起，殘存種子卵形，黑色有光澤。氣香，味微甜而後辛。
3、麻味程度不同。
紅花椒的麻味沒有青花椒那麼濃烈。紅花椒比較適合炒菜、燉湯。用於制作辣味重，偏重香辣風味的菜，比如辣子雞、香辣魚等。青花椒麻味重，比較適合用來做花椒油，或者是煮菜，比如花椒魚，椒麻雞、青椒兔等。
