1、使用范圍的不同：
生化棉：生化棉是一種使用范圍很廣的濾材，主要起到生化過濾的效果。適用於海水缸、淡水缸和水草缸等觀賞類水族箱。
過濾棉：過濾棉產品一般用於表面塗裝行業，專門為噴漆室末端過濾而設計，由抗斷裂的合成纖維構成的高性能熱熔法無紡佈加工而成，采取遞增的結構，就是往純凈空氣方向的纖維密度逐漸增大，過濾效率也增大，使用壽命更長。
2、過濾作用上的不同：
生化棉：用於培養硝化細菌，讓硝化菌分解水中有毒的NH₃/NH₄和NO₂，轉化成無毒的NO₃。因此可以改善水質，提高魚類成活率。
過濾棉：用過濾棉將粉塵過濾掉，隻讓潔凈的空氣在相對封閉的空間裡循環起來，從而達到生產運行的需要。
3、成分材料上的不同：
生化棉：利用聚醚，聚酯發泡制作而成，具有孔大、疏松的特點。
過濾棉：合成纖維、聚酯纖維、玻璃纖維等制成，具有孔小、緊密的特點。
