1、易產生細菌。自制青梅酒在制作的過程中沒有加入消毒滅菌的輔料，在設備上也很難達到工廠消毒的條件，因此容易出現黴菌以及各種病菌，而潮濕的環境適合細菌繁殖生長，進而會影響青梅酒的產量，因此長期飲用細菌過多的青黴菌會損害人體健康。
2、甲醛超標。自制的青梅酒還會出現甲醛超標的現象，若是瓶口密封不當以及選擇的容器不當，在高溫的環境下，原材料會進行分解產生有毒物質，尤其是一次性塑料材質的容器，不宜用來制作青梅酒，一旦甲醛濃度超過0.2%，會危害人體健康。
3、容易爆炸。青梅酒制作過程中若是儲存不當還會出現爆炸的現象，有的人喜歡將容器全部裝滿，甚至使用塑料瓶發酵青梅，青梅酒在發酵的過程中會產生氣體以及酒精，當容器中沒有多餘的空間時，便容易出現爆炸的現象。
