1、“通過扣繳義務人申報”是指公司可以使用扣繳端軟件。獲取到納稅人填寫的專項附加扣除信息，這樣納稅人在取得收人時就能享受扣除。“自行申報”是指納稅人可以不通過公司即扣繳義務人，而是在次年3月到6月年度匯算清繳時，自行通過個人所得稅APP等途徑申報其他所得或專項附加扣除。
2、自行申報主要是給綜合所得超過6萬元的需要退稅或補稅的納稅人年度匯繳時提供方便。平常選擇通過扣繳義務人申報即可，享受的扣除可以按月在工資中扣繳。不願意公司從專項附加扣除信息中知曉個人隱私的，或有其他收入所得的也可以根據實際情況選擇自行申報。
3、總之通過扣繳義務人申報可以在取得收人時就享受扣除。自行申報則更註重個人隱私。納稅人根據自身實際需求選擇即可。
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