1、《普羅米修斯2》中的事件設置在2012年《普羅米修斯》和1979年的原版《異形》時間線之間，影片開始時是2104年12月。一艘殖民飛船正向銀河深處的遙遠星球飛去。合成生化人Walter是唯一一位飛船上醒著掌舵的人，突然有個能量彈把他們撞出瞭軌，在緊急情況之下，船員們紛紛從深度休眠中被喚醒。船長瞬間被殺死，留下來管事。
2、活下來的船員還有Branson的妻子，土地形成方面的專傢Daniels；Oram的妻子Karine，衛生員Faris，以及她的飛行員丈夫Tennessee，安保隊長Lope，和他的丈夫Hallett。“契約”號飛船上還有2000名乘客在繼續休眠，醒著的這一小分隊船員試圖讓飛船穩定下來，回到深睡狀態，不過一則奇怪的無線電把他們引到瞭一個居住條件與地球相似的星球上去。
3、Oram決定放棄在原有星球上的殖民計劃，選擇新的這個星球。“契約”號上幾位負責勘探的船員漸漸生瞭病，還被襲擊瞭。這組人被Walter的初級版本David救瞭下來，當然他就是《普羅米修斯》中Weyland公司的那同一位生化人。他的出現卻引發瞭更多問題。
