1、首先在瞭解污染源、污染方式以及污染歷史和現狀的基礎上，全面考慮土壤的類型、成土母質、地形、天然植被或農作物等情況安排采樣點。田塊不大、形狀規則，可用對角線法和梅花形法；如田塊形狀不規則，地形有變化,或面積較大,可用棋盤式法或蛇形法。力求采樣點的情況能代表主要的土壤類型及其污染程度；同時要采集未受污染的土壤作為對照。
2、污染物在土壤中的分佈，既有因距離污染源的遠近而引起的水平差異，還有因時間和其他因素的不同而造成的垂直差異，因而還要根據土壤剖面層次分層采集土樣。土壤剖面分層要考慮到各類土壤的發生層次，並考慮土壤不同的機械組成、結構、有機質含量等，選擇最有代表性的均勻的層次部位采集土樣。有時為瞭完整地反映污染物在剖面中的分佈特點，采取連續采樣法。例如表層土以每5厘米為一單元分層，心土和底土以每5或10厘米為一單元分層，進行連續采樣。一般先取底層土樣，再向上逐層取樣。
3、采集土壤樣品的時間和數量，視采集的對象和目的而定。如為測定某種農藥殘留量，要在當年施用這種農藥前采集，或者在作物成熟時、與植物樣品同時采集。由於研究目的不同，對土壤樣品的采集也有不同的要求。如研究土壤物理性質，要求采取原狀土樣，即所采土樣應保持其自然結構和水分狀態。
4、研究土壤水分和農作物產量的關系，要求在各個生長期采集深2～3米處的土壤樣品。為研究土壤形態特征，要求采樣層次間界線清楚，能觀察到各發生層的結構、質地、新生體、地下水位等。研究土壤化學性質用的土樣，隻要求在特征深度處能采到足夠數量（如1～2公斤）的樣品，而不必保持原來的形狀。
