1、首先醃制腐乳：豆腐坯加水煮沸後，加鹽醃制，裝壇加入輔料，發酵成腐乳。這種加工法的特點：豆腐坯不經發酵（無前期發酵）直接裝壇，進行後發酵，依靠輔料中帶入的微生物而成熟。其缺點是蛋白酶不足，後期發酵時間長，氨基酸含量低，色香味欠佳。
2、毛黴腐乳：以豆腐坯培養毛黴，稱前期發酵，使白色菌絲長滿豆腐坯表面，形成堅韌皮膜，積累蛋白酶，為醃制裝壇後期發酵創造條件。毛黴生長要求溫度較低，其最適生長溫度為16℃左右，一般隻能在冬季氣溫較低的條件下生產毛黴腐乳。傳統工藝利用空氣中的毛黴菌，自然接種，需培養10—15天左右（適合傢庭作坊式生產）。也可培養純種毛黴菌，人工接種，15—20℃下培養2—3天即可。
3、根黴型腐乳：采用耐高溫的根黴菌，經純菌培養，人工接種，在夏季高溫季節也能生產腐乳，但根黴菌絲稀蔬，淺灰色，蛋白酶和肽酶活性低，生產的腐乳，其形狀、色澤、風味及理化質量都不如毛黴腐乳。
