1、成分相同。紅瑪瑙與紅玉髓的主要構成成分都是二氧化矽，且都屬於隱晶質結構，這使得兩者在礦物學上被統一稱呼為玉髓。
2、透明度不同。一般紅瑪瑙為透明到不透明之間，但是紅玉髓是不透明的。
3、硬度不同。紅瑪瑙的硬度指數要相對高於紅玉髓，紅玉髓硬度一般在6.5到7之間，而紅瑪瑙則會在7到8之間。
4、紋理區別。紅瑪瑙還有很重要的一個特性，這也是瑪瑙種類的基本特性，瑪瑙的外表面是有紋理的。而紅玉髓則沒有紋理，所以相比較之下，紅玉髓油脂感會更加重一些。有沒有紋理的情況不僅是用來區分紅瑪瑙與紅玉髓的好方法，也是紅瑪瑙用來與其他很多類別礦物區分的絕佳辦法。
玉髓類制品通常比較光亮、質地也較細膩，而紅玉髓實際上則是玉髓整個大傢族裡面“碧玉”類的一個變種，受其形成條件影響其紅色的基底上一般都有墨綠色的斑點。另外，除瞭以上的區別以外，紅瑪瑙與紅玉髓無論是物理性質還是化學性質都是基本一樣的，隻不過內部的些許不同構造而形成瞭兩種相獨立的種類罷瞭。
