1、人工打撈，人工打撈收獲藻類是控制藍藻總量最直接的方式，能有效減輕局部水華災害，在收獲藻類的同時起到輸出營養物的作用，減輕藻體死亡分解引起的藻毒素污染。由於人工打撈收集手段落後，時間有限，導致效率低、費用高。
2、機械除藻，機械除藻是將藻類從湖泊中移出的一種機械方式，一般應用在藍藻富集區（借助風向、風力等將藍藻圍欄集中在某一區域）,采用固定式除藻設施和除藻船對區域內湖水進行循環處理，有效清除浮藻層，為化學或生物除藻等措施的實施創造條件，可以作為輔助措施。
3、其他方法，目前的其他物理除藻方法也都存在效率低、成本高、不能大規模除藻等弊端，離實際應用還存在差距。例如用活性炭吸附，對藻類、藻毒素的去除效果很好，但水中的有機物會影響活性炭的吸附活性，在大面積范圍內使用很難回收再生，處理成本就很高。
