雙腎結石的發生有以下幾個原因：首先，生理代謝的問題異常，比如最典型的應該是甲狀旁腺功能亢進，對鈣鹽和磷酸鹽的代謝出現問題，容易產生雙腎結石。第二、腎臟有原發性的雙腎疾病，炎癥性疾病或者其他造成腎臟結構損害的原因，產生結石。第三、可能跟地域、飲食習慣、飲水有關，比如有些局部的地方水質偏硬，鈣鹽含量比較多，容易產生雙腎結石。第四、先天性發育。腎臟有解剖性因素，比如腎盂輸尿管連接部狹窄，個別是雙側的解剖發育問題。第五、生活習慣和飲食藥物，最典型的是三聚氰胺類的藥物在飲食或者奶粉裡面，有長期的使用習慣，容易產生雙腎結石。
