胎兒畸形的原因很多，到目前為止胎兒畸形發生的原因不是很明確，可能和遺傳因素、生物因素、化學因素、物理因素、環境污染因素等等相關。遺傳因素常見的疾病有21三體綜合征、18三體綜合征、13三體綜合征。生物因素有弓形蟲感染、風疹病毒、巨細胞病毒、單純皰疹病毒、帶狀皰疹病毒、水痘病毒、肝炎病毒、梅毒螺旋體微小病毒，這些感染會引起胎兒畸形。還有化學因素，比如農藥敵敵畏、敵百蟲、有機氯、有機汞等重金屬，還有氯丁乙烯、丙烯晴等高分子化合物，抗腫瘤藥、鏈黴素、卡那黴素，還有活疫苗等等，在孕早期即致畸敏感期都會有直接的危險。還有一些物理因素，比如長期的電磁輻射可能引起染色體畸變導致胎兒畸形，還有可能就是抽煙、喝酒、吸毒、其他環境污染等因素也會引起胎兒畸形。因為現在生活的社會，包括吃的好多東西，還有呼吸的空氣都有霧霾，都有可能造成畸形，所以不一定是一種原因的結果，也許是好幾種原因同時作用的結果。
