頸源性疼痛的鑒別診斷主要是和其他原因引起的頭痛進行鑒別。最常見的頭痛主要是血管性的頭痛，可以通過頸部的多普勒、血管的超聲進行診斷。另外就是顱內的一些病變，顱內的腫瘤、血管瘤引起的頭痛，這時候可以采用頭顱的CT、核磁包括血管的造影進行鑒別。還有一部分頭疼是由於眼耳鼻喉引起的，青光眼、眼壓增高也會引起頭疼。這時候一般病人會伴隨著眼部的一些癥狀，眼部不適，這時候進行眼科的一些檢查，進行鑒別診斷。耳鼻喉科常見的就是鼻竇炎，鼻竇炎會引起病人的頭痛，這時候也伴隨著其他的表現，比如鼻涕增多，鼻部、鼻竇部的壓痛，這時候進行鼻腔的一些檢查，還有一部分頭痛就是功能性的頭痛。比如有的女性病人的月經期間就伴有頭疼，是一過性的，不是總是頭疼，這時候也需要進行相應的檢查，進行排除。
