扁桃體結石通常發生在慢性扁桃體炎，尤其隱窩口有炎癥，導致隱窩裡有食物殘渣、細菌、脫落上皮形成的顆粒，時間長瞭鈣化形成的結石。如果結石比較大，可以通過鑷子、棉簽擠壓處理隱窩，沖洗一下，也可以用專門的沖洗器進行沖洗，壓力不能過大。如果扁桃體結石比較少，沒有癥狀，也可以不用幹預。如果扁桃體結石有癥狀，比如咽部異物感、口臭的情況，一方面清理結石的同時；另一方面給予含片、漱口水、治咽喉炎的中成藥進行治療。隱窩口的炎癥好轉、痊愈後，食物殘渣就不會殘留在隱窩口，結石就能痊愈。如果是扁桃體反復出現結石，面積比較大，結石比較多，這時可能會考慮扁桃體切除。
