骨髓炎是一種骨髓的感染，所以一般用藥主要是對感染的細菌或真菌用藥，一般都是用抗生素或者抗真菌藥。如果骨髓炎是急性骨髓炎，最好能有骨髓炎穿刺培養的結果，培養出致病菌，然後根據致病菌的藥敏結果選用對致病菌比較有效的抗生素來治療。如果沒有培養結果，一般常規要用對革蘭氏染色陽性的抗生素，或者廣譜抗生素聯合治療。有時候需要選用對抗革蘭氏染色陽性的細菌的抗生素，加用一種抗厭氧菌的抗生素聯合使用。對於兒童的急性血源性骨髓炎，可以用青黴素進行治療，對於慢性的骨髓炎，有時候治療起來比較困難，用藥物恐怕不一定能夠管用。而且慢性骨髓炎的細菌往往耐藥性比較強，像致病菌為金黃色葡萄球菌的時候，建議選用敏感性比較高的萬古黴素抗生素。如果感染的細菌是綠膿，建議用敏感性比較高的美羅培南這類強的抗生素。當然對於慢性骨髓炎，在用抗生素的前提下，往往需要做手術，做髓腔敞開引流改善局部循環，讓抗生素能夠釋放進去，起到減壓治療作用，這樣才能把慢性骨髓炎徹底的治好。
