卵巢早衰的病因比較復雜，50%以上的患者沒有明確病因，目前已知的因素包括染色體異常、自身免疫性疾病、醫源性損傷、病毒感染等。常見的染色體異常遺傳病有先天性卵巢發育不全（特納綜合征）、脆性X綜合征，約5%-30%的卵巢早衰病人合並其他自身免疫性疾病，常見的自身免疫性疾病有橋本氏甲狀腺炎、艾迪森氏病、系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎等。惡性腫瘤放療、化療是卵巢早衰的原因，卵巢腫瘤切除術或卵巢子宮內膜異位囊腫剝除術後可影響卵巢的血運，引起卵巢早衰。還有乙型腦炎、腮腺炎等病毒感染，可損傷卵巢組織導致卵巢早衰。卵巢早衰的病人在日常生活中要健康飲食、規律運動，由專業醫生綜合評估後，且需在醫生的指導下進行雌孕激素治療，防止骨質疏松的發生。
