煙霧病開顱手術後遺癥有頭痛、頭暈、癲癇、感染等概率較小的後遺癥，主要後遺癥由其本身病因導致，如後期出現腦梗塞、血管性智力低下、運動障礙等。搭橋血管不通導致腦供血不足，再灌註有腦出血的可能性，但是臨床中在手術之後要嚴密控制病人的血壓，這種並發癥相對來說發生的幾率較低。其他的並發癥就像普通的開顱手術一樣，因此沒有太多相對搭橋手術本身的並發癥。另外，也有一部分病人因為在煙霧病的搭橋手術，特別是在手術當中如果血壓過低，也可能造成搭橋手術對側的大腦出現缺血性的改變，手術中和麻醉師盡量保持密切合作，把病人的血壓不要降的太低，盡量保持病人腦氧的正常和血壓的正常。
