1、密封保存：由於靈芝孢子粉與空氣接觸非常容易氧化，因此為瞭保留住靈芝孢子粉的有效成份，一般建議使用真空包裝或者使用軟膠囊的包裝方式，如果是購買的散裝靈芝孢子粉建議用瓶子密封好。
2、低溫存儲：破壁後的靈芝孢子粉含有三萜油脂化合物，破壁以後會溢出與孢子合成粘濕粉末狀。
孢子油會有一些油腥味，如果天氣溫度過高，孢子油的會隨著溫度的增高而容易分解掉，因此靈芝孢子粉買回來之後建議放在冰箱冷藏保存。
3、分裝保存：如果是大量的靈芝孢子粉建議分裝密封保存，例如，1公斤的破壁靈芝孢子粉，可以分成10袋，100g真空裝的破壁靈芝孢子粉分裝保存。還有一種保存方法，就是將大量的孢子粉，分別在幾個透明的密封玻璃瓶中保存，這樣也可以提高保存效果。
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