1、發行制度不同：科創板為註冊制；新三板註冊公司提交掛牌申請材料後，全國股轉公司會有針對性的提出詢問，對企業的硬性量化指標僅需經營滿兩年。
2、交易方式不同：科創板在交易所內交易，屬於場內交易；新三板為全國中小企業股份轉讓系統，屬於場外市場。
3、對投資者要求不同：科創板開通具備兩年以上投資經驗，總資產要達到50萬元；新三板開通要具備兩年以上投資經驗，個人金融類資產500萬元。
而且科創板和新三板一樣，同屬於場外交易市場，但與新三板不同，科創板將重點面向尚未進入成熟期但具有成長潛力，且滿足有關規范性及科技型、創新型特征中小企業。
