1、審計準備階段。根據項目審計計劃，對被審計單位的審計事項開展審前調查活動，制定審計工作方案，組成審計組，在實施審計三日前，向被審計單位送達審計通知書。
2、審計實施階段。審計人員通過審查會計憑證、會計賬簿、會計報表等方式進行審計，並取得審計證明材料。
3、審計報告階段。審計組對審計事項實施審計後，應當向審計機關提出審計報告。審計報告報送審計機關前，應當征求被審計單位的意見。被審計單位應當自接到審計報告之日起十日內，將其書面意見送交審計組或者審計機關；自接到審計報告十日內未提出書面意見的，視同無異議。
4、審計處理階段。對審計事項作出評價，出具審計意見書；對違反國傢規定的財政收支、財務收支行為，需要依法給予處理、處罰的，在法定職權范圍內作出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見。審計機關應當自收到審計報告之日起三十日內，將審計意見書和審計決定送達被審計單位和有關單位。審計決定自送達之日起生效。被審計單位對地方審計機關作出的審計決定不服的，可申請復議。
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