1、防混放。化肥混放在一起，容易引起肥效降低。如硫酸銨、氯化銨等銨態氮肥，遇到草木灰、石灰等堿性物質時，會引起氨的揮發損失。過磷酸鈣、磷酸銨等水溶性磷肥，遇到堿性物質，會降低磷的有效性；
2、防標志名不副實。有的農戶用復混肥袋裝尿素，有的用尿素袋裝復混肥或硫酸銨，還有的用進口復合肥袋裝專用肥，這樣在使用過程中很容易出現差錯。如有位農戶種大豆時用磷肥拌種，誤把水泥當成鈣鎂磷肥去用，結果使大豆住進瞭“水泥房”，不透氣，不透水，大豆也就不能發芽出苗；
3、防破袋包裝。硝態氮肥料吸濕性強，吸水後會化為漿狀物，甚至呈液體，應密封貯存，一般用缸或壇等陶瓷容器存放，嚴密加蓋；也可用兩隻塑料袋包裝後嚴密封口貯存。碳酸氫銨吸濕後會加快氨的揮發損失。過磷酸鈣吸濕後，不僅容易結塊，造成施用不便，而且還會引起磷的退化，使有效磷含量降低；
4、防火，特別是硝酸鉀等硝態氮肥，遇高溫(200℃)會分解出氧，遇明火就會發生燃燒或爆炸；
5、防腐蝕。過磷酸鈣中含有遊離酸，碳酸氫銨則呈堿性，這類化肥不要與金屬容器或磅秤等直接接觸，以免受到腐蝕；
6、防肥料與種子、食物混存，特別是揮發性強的碳酸氫銨與種子混放會影響發芽，應予以充分註意。
需要註意的就是有些化肥和農藥性質不穩定，在貯存過程中釋放出的氣體會危害人體健康。
