1、含菌量不同，紙巾紙直接接觸面部，對衛生要求十分嚴格，國傢規定每克紙巾紙含菌量不得高於200個單位；而衛生紙的要求就相對寬松，每克衛生紙含菌量不高於600個單位就算合格瞭。
2、造紙木漿不同，我們買紙巾時看到的原生木漿和純木漿不是一個概念。原生木漿是指造紙的木漿都是新原料，根據國傢衛生標準，紙巾紙必須使用原生木漿，純木漿中允許存在再生材料，用再生材料做衛生紙是符合國傢衛生標準的。
3、熒光增白劑要求不同，紙巾紙要與人的面部接觸，按規定是必須不含遷移性熒光增白劑的，合格的紙巾紙可以放心使用，不會損傷皮膚。而衛生標準對於衛生紙是否含有遷移性熒光增白劑，含量多少均沒有明確要求。
