1、地面堆碼貯藏。選用沒有直射光、空氣流通，土質或紅磚地面的空屋作貯藏室。地面墊5cm厚稻草或麥秸，將老熟、無損傷南瓜堆上。堆放時，保持南瓜挨著地面的方向向下，瓜蒂朝裡瓜頂向外碼成圓錐形。每堆15～20個，大型瓜不要堆得太多，防止擠壓，並有利於通風。初期夜間開窗通風換氣，白天關閉遮陽，保持室內空氣新鮮、幹燥和涼爽；冬季關閉門窗防寒。
2、架式分層貯藏。貯藏室內用竹木或角鐵搭成分層貯藏架，每層高度比南瓜高8～10cm。每層貯藏架上鋪5cm厚稻草或麥秸。南瓜擺放狀態與堆藏相同，架式分層貯藏效果優於地面貯藏。
3、地窖低溫貯藏。地上鋪墊5cm厚的細沙或麥秸、稻草，堆放2～3層瓜；也可搭架子將南瓜放在架子上。窖內溫度控制在10℃左右，相對濕度保持70%～80%。貯藏前要註意選好南瓜，適期采收，不能遭受霜打，瓜蒂處保留5cm長的瓜梗，防止機械損傷。貯藏中要註意勤檢查，發現有病斑的瓜立即剔出以免感染好瓜。
4、打蠟儲存。除瞭把南瓜放在通風的地方，觀賞性的南瓜如果能夠放在液體蠟中浸一下，就可以保存一年左右基本沒有問題。
