1、熱滅菌法。熱滅菌法利用高溫使微生物細胞內的一切蛋白質變性，酶活性消失，致使細胞死亡。通常有幹熱、濕熱和間歇加熱滅菌等法。
2、幹熱滅菌。火焰灼燒法或烘箱內熱空氣滅菌法稱為幹熱滅菌法（dryheatsterilization）。把金屬器械或洗凈的玻璃器皿放入電熱烘箱內，在150～170℃下維持1～2小時後，可達到徹底滅菌（包括細菌的芽孢）的目的。灼燒（incineration或combustion）是一種最徹底的幹熱滅菌法，應用范圍僅限於接種環、接種針的滅菌或帶病原菌的材料、動物屍體的燒毀等。
3、化學試劑滅菌。大多數化學藥劑在低濃度下起抑菌作用,高濃度下起殺菌作用。常用5%石炭酸、70%乙醇和乙二醇等。化學滅菌劑必須有揮發性，以便清除滅菌後材料上殘餘的藥物。化學滅菌常用的試劑有表面消毒劑、抗代謝藥物（磺胺類等）、抗生素、生物藥物素抗生素是一類有微生物或其他生物生命活動過程中的合成的次生代謝產物或人工衍生物，他們在很低濃度時就能抑制或感染它種生物（包括病原菌，病毒，癌細胞等）的生命活動，因而可用作優良的化學治療劑。
4、間歇滅菌。間歇滅菌連續3天,每天進行一次蒸氣滅菌的方法。此法適用於不能耐100℃以上溫度的物質和一些糖類或蛋白質類物質。一般是在正常大氣壓下用蒸氣滅菌1小時。滅菌溫度不超過100℃,不致造成糖類等物質的破壞，而可將間歇培養期間萌發的孢子殺死，從而達到徹底滅菌的目的。
5、輻射滅菌。輻射滅菌在一定條件下利用射線進行滅菌的方法。較常用的有紫外線，其他還有電離輻射（射線加快中子等）。波長在25000～80000納米之間的激光也有強烈的殺菌能力,以波長26500納米最有效。輻射滅菌法僅限於某一定材料，因所需設備復雜，難於廣泛使用。
6、消毒劑消毒法。消毒是指殺死病原微生物的方法。但化學消毒劑大多僅能殺死微生物的繁殖體而不能殺死芽孢，能控制一定范圍的無菌狀態。可將消毒劑配成適宜濃度，采用噴淋、塗擦或浸泡等方法對物料、環境、器具等進行消毒。常用的化學消毒劑有0.1%～0.2%苯紮溴銨溶液、3%～5%的酚或煤酚皂溶液、75%乙醇等。常用於物體表面滅菌。但要註意其濃度不要過高，以防止化學腐蝕作用。潔凈室的墻面、天花板、門窗、機器設備、儀器、操作臺、車、桌、椅等表面以及人體雙手（手套）在環境驗證及日常生產時，應定期清潔並用消毒劑噴灑，無菌室用的消毒劑必須在層流工作臺中，用0.22μm的濾膜過濾後方能使用。
