1、文種性質不同。實施意見是“意見”的一種類型，為法定公文，具有法定的權威性和行政約束力，其寫作必須合乎法定公文規范和格式標準。而實施方案則為計劃類文書的一種，屬於常用事務性文書，不具備法定公文所具有的法定效力與規范體式。
2、發文依據不同。實施意見一般是根據上級提出的“意見”、發出的“通知”、作出的“決定”等文件精神而擬定的；而實施方案往往根據上級提出的“意見”或“實施意見”來制定。
3、寫作重點不同。實施意見一般側重於宏觀方面，提出總體目標、基本任務和內容范圍，較少提出特別具體的目標任務，相對比較概括。而實施方案則往往側重於微觀，要提出具體細化的目標或分階段目標，甚至要制定量化指標。
