1、天然水晶在形成過程中，往往受環境影響總含有一些雜質，對著太陽觀察時，可以看到淡淡的均勻細小的橫紋或柳絮狀物質。而假水晶飾品多采用殘次的晶渣、玻璃渣熔煉，經過磨光加工、著色仿造而成，沒有均勻的條紋、柳絮狀物質。
2、即使在炎熱夏季的三伏天，用舌頭舔天然水晶表面，也有冷而涼爽的感覺。假的，則無涼爽的感覺。
3、天然水晶石是大自然的產物，天然水晶中除瞭頂級的天然水晶通透無瑕，璀璨潔凈外，一般的天然水晶石都會有棉絮和冰裂等天然印記的存在，而人造水晶晶瑩剔透，完全無雜，這也是天然水晶石和人工水晶石最好分辨的特點。
4、在天然水晶中，常有包裹體和綿，而合成水晶晶瑩剔透，個別則有氣泡或固體雜質。近來一些合成水晶內常有一些三角形長管狀氣孔，在這些氣孔中有綠色或紅色粉狀物。這種長管的特點是沿一個方向平行排列，斷面為三角形，裡面常有不均勻的綠色或紅色粉狀物沿壁分佈，中間往往是空的，長管端頭有變尖的趨勢。而真正的天然水晶是含陽起石、金紅石等礦物的晶體，這些礦物各有其晶形。它們被包在水晶中，無方向性隨意排列，粗細長短各異，並常伴有天然水晶所固有的包裹體和綿等。
5、合成水晶尤其是彩色合成水晶的特點是顏色經絕對均一。而天然水晶則不可能每個部分顏色都很均勻，它天生帶有色差。這點在黃晶身上就特別明顯，它的黃色實際是一塊顏色輻射到整塊水晶，而不是整塊都是黃的。
水晶是有靈性的東西，不同的水晶有不同的靈性。但是人們往往認為天然的水晶石因其經過千百萬年才形成（比人類的歷史長得多），會包含天地之靈氣，靈性要更強一些。而人造水晶石是後期加工制成，所以靈性也比天然水晶石弱很多。
