1、投藥除草或者人工除草。
2、水草老化，原因：水草經過3個月左右的生長期，過於茂盛，密度過大，阻斷水體流通，尤其水草露出水面，經過太陽曝曬，停止生長，一段時間後根部腐爛，水草上浮，敗壞水質，致使水色發紅、發黑。處理：對老化水草要及時進行打頭(割頭)處理。過密水草及時拉出通道，一般5米左右拉出2米的通道，增強水體的流動性。若水草出現黃根、黑根及腐爛，應先用氧化底改，再解毒並施用草肥處理。
3、水草蟲害，原因：蟲害多發生在梅雨季節，伊樂藻與輪葉黑藻多發，尤其輪葉黑藻易發紅蟲和白色線蟲(毛蠓幼蟲)，一旦大量暴發，可在7～15天將葉片吃光。處理：應徹底清塘，在蟲害高發季節控制水位淹沒草頭10厘米。勤改底，少量多次施草肥，增強草根抓地力，增強水草抗蟲能力。定期施用復合菌種和氨基酸肥，培養良好水色，杜絕施用農傢肥與化肥。若已出現蟲害，可用阿維菌素類產品滅殺，在7天後再殺一次。殺蟲後需及時解毒調水。
