1、選種采種：黃連2～3年生植株所結的種子發育不良，發芽率很低，不宜作種用。應采集4～5年生植株所結的種子。於5月上旬立夏前後，當蓇葖果變為黃綠色並出現裂痕、尚未完全開裂時，及時采收充實飽滿的果實。
2、種子處理：黃連種子屬低溫型，且休眠期較長，達9個月以上。需要經過一個低溫階段才能打破其休眠而發芽。同時種子一經幹燥，就喪失發芽能力。因此，必須進行濕砂層積處理，置於低溫條件下貯藏，才能完成胚後熟階段。如先將即將開裂的果實連果柄一同剪下，置室內通風陰涼處攤放後熟2~3天。待蓇葖果開裂後拍打出種子，簸去雜質及揚去癟籽。然後，將種子與3份濕潤的細砂土混拌均勻，裝入木箱，可置山洞內貯藏。若少量種子，可趁鮮放入冰箱內，在0～6℃低溫下，貯藏180天，其發芽率可達90％以上。
3、播種方法：於秋季10～11月進行為宜。撤播，將保鮮籽與20倍的過篩細腐殖質土，充分混拌均勻撤於哇面上。要播得均勻，播後用木板稍加壓實，使種子與土壤密接，再撤益一層厚0.5～0.7厘米的細碎糞土，以不見種子為度。最後，畦面薄蓋1層稻草，保溫保濕，以利出苗。於翌年早春氣溫回升後即揭去。每畝用種量3～4公斤，可育苗50多萬株。
