1、故事發生在2154年，傑克·薩利是一個雙腿癱瘓的前海軍陸戰隊員，他覺得沒有任何東西值得他去戰鬥，這時他得知自己的雙胞胎哥哥被殺，為瞭完成哥哥的未盡事業，傑克接受瞭被派遣去潘多拉星球的采礦公司的工作。
2、這個星球上有一種別的地方都沒有的礦物元素Unobtanium，能夠吸引人類不遠萬裡來到這裡拓荒的原因就是Unobtanium將徹底改變人類的能源產業。但是問題是，資源豐富的潘多拉星球並不適合人類生活，這裡的空氣對人類致命，本土的動植物都是兇猛的掠食者，極度危險。這裡的環境也造就瞭與人類不同的種族：10英尺高（約3米）的藍色類人生物Navi族。Navi族不滿人類拓荒者的到來，也不喜歡人類的機器在這個星球的土地上因為到處挖礦而留下的斑斑傷痕。
3、雖然潘多拉星球環境嚴酷，但人類隻要帶上空氣過濾面罩，甚至可以裸露皮膚在潘多拉星球上作業。但是由於人類即使學會納威語也無法和納威人直接交流，於是科學傢們轉向瞭克隆技術：他們將人類DNA和Navi人的DNA結合在一起，制造瞭一個克隆Navi人，這個克隆Navi人可以讓人類的意識進駐其中，成為人類在這個星球上自由活動的化身。然而並不是任何人都可以操縱這個克隆Navi人，隻有DNA與他身上人類DNA配型相符的人才有這樣的能力。傑克·薩利找到瞭他哥哥捐獻的克隆Navi的人類，實驗後的他又能憑借走路瞭。
4、幾年後，傑克·薩利到瞭潘多拉星球，他發現這裡的美景簡直無法用語言來形容，高達900英尺的參天巨樹、星羅棋佈飄浮在空中的群山、色彩斑斕充滿奇特植物的茂密雨林、晚上各種動植物還會發出光。就如同夢中的奇幻花園。不過很快他就體驗到瞭這裡的危險，一頭死聖獸與他狹路相逢，在逃命過程中傑克與隊友失去瞭聯系；在晚上的時候又被一群土狼襲擊，傑克奮起戰鬥，在整個戰鬥的過程中傑克寡不敵眾危在旦夕，危急關頭中一支箭射死瞭土狼，傑克得救瞭。救他的是Navi族的公主，傑克從她口中瞭解到瞭更多潘多拉星球的知識。
5、Navi族人一直以來都與潘多拉星球的其他物種和諧相處，過著一種簡樸天然的生活，傑克在和這個Navi女孩的相處過程中逐漸轉變瞭對人類來這裡采礦的看法，他意識到已經找到值得為之戰鬥的東西瞭。不過傑克·薩利如果要加入Navi族人對抗人類入侵者的戰爭，要付出很大的代價：他不能永遠呆在化身中，當化身——克隆Navi人睡覺時，他就會回到自己半身不遂的人類身體中，隻有通過專門的連接設備才能重新回到化身中。一旦與自己的同胞為敵，他就失去瞭與化身結合的可能，隻能困在殘疾的身體裡，並失去那個他越來越喜歡的Navi女孩。
6、最後，人類在利益的驅動下，派遣瞭戰機去摧毀Navi族人所生存的傢園樹，盡管傑克等人一再爭取希望可以不要那麼做，但是采礦公司還是決意要去摧毀。傑克與他們協商，自己去和Navi族人交涉，讓他們離開那顆大樹，然而當他說明瞭一切之後，Navi族人都很憤怒，特別是傑克喜歡的那個Navi族人女孩也是很憤怒，Navi族人就把傑克捆在瞭刑架上瞭。采礦公司派遣的戰機發現他們協商失敗瞭。於是就下令開火，摧毀瞭他們前進的障礙——Navi族人賴以生存的那棵巨樹，Navi族人的老領袖也被炮火炸死。
7、沒有瞭生存之地的Navi族人被迫暫居神樹之下。而傑克等人的正義行為因為和采礦公司的利益相沖而被關押；後來，傑克等人在退役軍官的幫助下逃跑瞭。傑克隨後設法馴服瞭Navi的神獸魅影並到達瞭Navi族人暫居的神樹下，呼籲Navi族人作出反抗，他終於又得到Navi族人的信任。在他的呼籲下，他們聯絡瞭潘多拉星球上瞭其他民族的人，一起組建瞭一支幾千人的反抗軍，形成瞭陸空兩路的防線。
8、采礦公司的軍隊也發現瞭Navi族人的反抗跡象，他們迅速派遣大量飛機和機甲，準備提前消滅Navi族人。於是，Navi族人的反抗聯盟和采礦公司的軍隊展開瞭血戰，結果，Navi族人反抗軍最終打敗瞭人類，而人類的軍隊指揮也被殺死，戰後，Navi族的新領袖重傷，遂把族人交給傑克帶領，傑克含淚接下重任並按領袖的要求殺死瞭他。
9、Navi族人在傑克的幫助下，將遣送采礦公司全部離開潘多拉星球。在Navi的精神領袖的帶領下，Navi族人用自己的感受器與神樹相連，借助神樹的力量，將傑克·薩利的精神轉移到他的阿凡達身上，傑克最終成為瞭這個星上Navi人的領袖。
