1、發病初期可用50%多菌靈可濕性粉劑500倍液、65%代森錳鋅可濕性粉劑500倍液、70%百菌清可濕性粉劑800倍液、20%三唑酮乳油3000倍液或50%苯菌靈可濕性粉劑1500倍液噴霧防治。
2、發病中期可用98％惡黴靈2000～3000倍灌根。
3、玉米莖腐病的綜合防治措施可以清除田間病株殘體。對制種玉米在抽雄時及時將發病雌雄株拔除。玉米收獲後徹底清除發病株，集中燒毀或結合深翻土地而深埋。
而腐黴菌生長的最適溫度為23～25℃，鐮刀菌生長的最適溫度為25～26℃。平時應該加強田間管理，采用高畦栽培，嚴禁大水漫灌，雨後及時排水，防止濕氣滯留。
