1、食物的基因不一樣。轉基因食品，即利用生物技術，將某些生物的基因轉移到其他物種中去，改造生物的遺傳物質，使其在性狀、營養品質、消費品質等方面不自然和諧，以轉基因生物為直接食品或為原料加工生產的食品就是轉基因食品。非轉基因食品，沒有經過生物技術，自然生長的，以非轉基因生物為直接食品或為原料加工生產的食品就是非轉基因食品。
2、轉基因食品在性狀及營養品質方面與非轉基因食品不同。通過生物技術，科學傢可以把某個基因從生物中分離出來，然後植入另一種生物體內。例如，北極魚體內的某個基因有防凍作用，科學傢將它抽出，植入西紅柿裡，於是就制造出新品種的耐寒西紅柿。像這樣含有轉基因成分的食品就是轉基因食品。在轉基因食品這個概念出來之前，是沒有非轉基因食品這個概念的。非轉基因食品顧名思義是指不含有轉基因成分的食品，如果是按照綠色食品或有機食品生產標準要求生產的，那麼這個非轉基因食品就是綠色食品或有機食品；否則就不是。
