1、選擇輪作地塊、避免連續重茬種植、清理田間病殘體、土壤殺菌、選擇抗病品種、種子進行包衣殺菌處理是防治胡蘿卜黑腐病的有效方式。胡蘿卜生育期葉片發生黑腐病不僅造成產量損失，而且可為貯藏期肉質根發病積累足量的病原，同時也為侵染胡蘿卜根冠部提供通道，因此葉片發病初期進行化學防治是控制病害的重要手段。
2、貯藏前，清洗並剔除帶傷胡蘿卜，使胡蘿卜損害程度降到最低，可降低貯藏期胡蘿卜黑腐病發生幾率。貯藏時保持適當的溫度(0℃左右)和濕度(小於92%)可阻止胡蘿卜受侵染和降低病害蔓延幾率，收獲後貯藏的衛生條件對控制病害至關重要。
3、防治胡蘿卜黑腐病，可在病害發生前期或初期每畝使用保護性殺菌劑40%百菌清懸浮劑200毫升，7~10天噴霧1次，連續使用3~4次，可達到低投入高產出的防治效果。
而且二甲酰亞胺類殺菌劑異菌脲對胡蘿卜黑腐病具有較好的防治效果。
