復雜性尿路感染是指在尿路結構功能解剖上的異常。根據這種異常，尿感分為復雜性尿感和非復雜性尿感。復雜性尿感是指伴有尿路梗阻、尿流不暢、結石、尿路先天畸形及膀胱輸尿管反流等解剖和功能上的異常，或在慢性腎臟病基礎上發生的尿感。復雜性尿路感染的治療與普通尿路感染治療是截然不同的，努力清除復雜因素，結合抗生素治療，如果能夠手術糾正，一個長程4到6周有效的治療，結合外科操作是恰當的；如果無法手術治療，7到14天的療程似乎更恰當，目的是在於控制癥狀。長程抑菌治療取得經常性的癥狀緩解也是可以嘗試的。對於脊髓損傷導致神經性膀胱的患者，這是一個復雜尿路感染的特殊人群，對於該人群使用烏洛托品預防，間歇使用清潔尿管自行導尿，可以減少尿感的發病率。
