飛秒激光是現在激光手術最先進的方法，已經非常成熟瞭，手術成功率也非常高，但是任何手術都有可能潛在存在的並發癥，飛秒激光手術也有並發癥出現的可能：1、過矯或者欠矯，激光手術矯正的效果與目標相差超過一個D，就可以稱為過矯或者欠矯，這是由於手術前屈光力檢查不夠準確、手術的環境、術中手術操作者的習慣等多種因素導致，可以使用糖皮質激素的用量調整，實在不行可以再次行激光屈光手術。2、可能出現的問題是屈光回退，術後隨著時間的推移，再次出現屈光力的下降。3、幹眼癥，主訴幹眼的在術後非常常見，主要是因為手術中會切斷角膜感覺神經纖維，導致基礎淚液分泌減少所致。少數病人術後還可以出現眩光、光暈或者單眼復視的癥狀，出現在屈光度較高的病人，飛秒激光手術後的角膜炎癥最嚴重，但也是最少見的一種並發癥。總之，飛秒激光手術很安全，發生並發癥非常少見。
