扁平苔癬的治療方法首先是要去除可疑的病因，就是有可能導致發病的原因，把它去除掉，口腔的扁平苔癬的患者，牙的填充材料要盡量去除，並且要限制煙酒和刺激性的飲食，如果是光線性的扁平苔癬，需要使用遮光劑或者盡量的避光，這是第一個。第二個內用給予口服的藥物，比如可以先止癢，給予組胺藥，另外首選的是激素治療，激素的使用一定要嚴格遵照醫生的囑咐，因為激素會有一些副作用，而且有的人停藥以後會有反復。此外維甲酸類的藥物，比如阿維A也是可以選用的。免疫抑制劑包括環孢素、硫唑嘌呤、氨苯砜都可以選用。還有免疫調節劑、抗瘧的藥、抗真菌藥物、抗生素，包括雷公藤都是可以選用的，具體的選用一定要在醫生的指導下，因為不同類型的扁平苔癬對每個藥物的敏感性不太一樣，這是內用治療。外用治療的話，比較常規選用的是激素，一般外用激素的治療，對扁平苔癬是比較有效的。另外也可以用維甲酸類的藥物，比如維A酸、阿達帕林、他紮羅丁等等，因為它可以不脫角質也是有幫助的，但是維A酸類的藥物禁用於糜爛或者潰瘍型的扁平苔癬，一定要註意。另外光療、紫外線窄波UVB，對扁平苔癬的效果是比較好的，可以選用。還有一些潰瘍性的、肥厚性的，包括有些癌變的患者，可以給予手術的切除，另外中醫藥治療扁平苔癬也有自己的優勢，根據不同的類型、不同的證型辨證論治，選用不同的中藥湯劑治療也有一定的療效。
