衣原體不是細菌，衣原體是寄生在細胞內的原核生物，其自身不能夠提供能量，需要寄生於宿主細胞體內，依賴宿主細胞提供能量才能夠生存，這一點類似於病毒。而細菌一般能夠獨立生存，不需要寄生在宿主細胞體內。所以，衣原體與細菌有明顯的差異。衣原體也有類似於細菌的地方，衣原體本身類似於細菌，可以同時具有兩種核酸，具有RNA和DNA，這一點與病毒不同。另外，衣原體也具有細胞壁，這一點類似於細菌。衣原體可以有類似於革蘭氏陰性桿菌的細胞壁表現，主要是由脂多糖組成的細胞壁，這一點與病毒有所區別。所以衣原體既不是細菌，也不是病毒，其有自己獨自的特征。衣原體一般在體外不能夠培養，通過衣原體的抗原、抗體以及核酸可以幫助診斷衣原體感染，對人體致病的衣原體包括肺炎衣原體、沙眼衣原體以及鸚鵡熱衣原體。
