對於克羅恩病的治療，目前有幾個方面：對於活動期，主要通過乙酰水楊酸制劑，它是比較常用的藥物。如果是比較嚴重的病人，也通過6-巰基嘌呤等免疫抑制劑、腎上腺皮質激素等。最新治療有抗腫瘤壞死因子的單克隆抗體等藥物治療。如果活動期的癥狀緩解以後，還要進行維持治療。一般來講，常用乙酰水楊酸制劑進行維持治療。但具體要根據病情，如果用免疫抑制劑，可能要逐漸的減量，腎上腺皮質激素也要逐漸減量。還有一種方法是手術治療，主要針對它的並發癥，比如腸梗阻，特別是完全性腸梗阻。有些病人腸內瘺形成，也需要手術治療。總體來講，克羅恩病采用以內科治療為主、外科治療為輔的策略。
