根據囊腫的部位不一樣，引起的原因也不一樣。卵巢上的囊腫，具體病因不明確，可能是體內的內分泌紊亂引起的，主要與體內的雄激素和雌激素水平增高有關。多數卵巢上的囊腫在月經幹凈後可以自己消退，如果不消退也需要手術治療。輸卵管部位的囊腫主要是由於病原菌引起的，比較小的囊腫可以不進行治療，比較大的囊腫也需要手術切除。宮頸上的囊腫主要是由於長期的慢性炎癥刺激引起的，多見於慢性宮頸炎，比較小的囊腫不需要進行治療，大的可以考慮物理治療，如微波、激光等。另外有特殊的囊腫，如巧克力囊腫，主要是由於子宮內膜異位癥引起的，需要及時進行切除，同時徹底切除異位的子宮內膜才能防止復發。
