對於大多數肝癌患者來說，手術切除都是可以實現治愈的主要手段，手術切除是小肝癌最好的選擇。切除的預後與切除時腫瘤大小有關，2cm的小肝癌切除後的五年生存率為81.5%，而4.1到5cm的肝癌五年生存率降至59.5%，由此可以看出腫瘤越小，發現越早，手術以後的生存率越高，它的治愈率也就越高。因此，對於肝功能代償者，也就是說總膽紅素小於34μmol/L的、白蛋白與球蛋白比值無倒置的，也就是說白蛋白與球蛋白比值大於0.6的、凝血酶原時間為正常值的50%以上的患者，這部分人都應該盡力爭取徹底切除。肝癌患者多合並肝硬化，因此肝切除的范圍有縮小的趨勢，現在多采用局部切除或肝段切除。一般認為切除原距離腫瘤包膜2cm就是小肝癌的根治術。不過需要明確的是手術治療所謂的治愈，即是生存期達到五年，且手術會給身體帶來的創傷有可能會發生轉移，應該註意手術的適應癥。
