丙肝病毒的基因分型根據基因序列的不同分為六個型別，為1型、2型、3型、4型、5型、6型，不同的基因型又分為不同的亞型，比如1型又分為1A型、1B型，2型又分為2A型、2B型、2C型，3型又分為3A型、3B型，4型和5型我國沒有，6型又分為6A型、6B型和6C型。基因型在我國最多見的是1B型，還有一些2A型，南方一些城市基因型比較多樣化。我國存在1型、2型、3型、6型，沒有4型和5型的丙肝病毒，其中還有10%為混合型或者無法確定的基因型。丙肝病毒不同的基因型，采取的抗病毒治療措施有所區別。通常丙肝病毒的感染，首先應該進行HCV RNA的檢測，如果HCV RNA為陽性，確定有丙肝病毒感染，然後再進一步進行分型。分型明確後再根據不同的型別，選擇有針對性的抗病毒的藥物來治療。目前針對丙肝病毒的抗病毒治療，有一些抗病毒藥是特殊型別的治療，比如針對1B型的抗病毒藥物，針對2A型的特殊藥物，還有一些泛基因型藥物，也就是無論哪一型的丙肝病毒感染，都可以使用的抗病毒藥物。
